认证将根据自身资源及CNAS的审核业务范围决定受理企业的申请，并与申请方签署认证合同。
在认证受理企业申请后，申请企业应提交与HACCP体系相关的程序文件和资料，例如：危害分析、HACCP计划表、定CCP点的科学依据、厂区平面图、生产工艺流程图、车间布局图等。申请企业还应声明已运行了HACCP体系。认证对企业提供和传授的资料和信息负有保密责任。认证费将根据企业规模、认证产品的品种、工艺、风险及审核所需人天数，按照CNAS制定的标准计费。
认证审核阶段认证受理申请后将定审核小组，并按照拟定的审核计划对申请方的HACCP体系进行初访和审核，鉴于HACCP体系审核的深，审核小组通常会包括熟悉审核产品生产的审核员，专审核员是那些具有特定食品生产加工方面背景并从事以HACCP为基础的食品体系认证的审核员。要时审核小组还会聘请对审核过程提供指导。申请方聘请的食品顾问可以作为观察员参加审核过程。
HACCP体系的审核过程通常分为两个阶段，一阶段是进行文件审核，包括SSOP计划、GMP程序、员工培训计划、设备保养计划、HACCP计划等。这一阶段的评审一般需要在申请方的现场进行，以便审核组收集多的要信息。审核组根据收集的信息资料将进行独的危害分析，在此基础上同申请方达成关键控制点（CCP）判定眼光的1致。审核小组将听取申请方有关信息的反馈，并与申请方就二阶段的审核细节达成1致。二阶段审核须在审核方的现场进行。审核组将主要评价HACCP体系、GMP或SSOP的适宜、符合等。其中会对CCP的监控、纠正措施、验证、监控人员的培训教育，以及在新的危害产生时体系是否能自觉地进行危害分析并控制等方面给予的注意。
现场审核结束，审核小组将根据审核情况向申请方提交不符合项报告，申请方应在规定时间内采取纠正措施，并经审核小组验证后关闭不符合项，同时，审核小组将审核结果提交认证作出认证决定，认证将向申请人发认证。
证保持阶段鉴于HACCP是一个控制体系，因此其认证期通常多为一年，获证企业应在证期内保证HACCP体系的持续运行，同时须接受认证至少每半年1次的监督审核。如果获证供方在证期内对其以HACCP为基础的食品体系进行了重大改，应通知认证，认证将视情况增加监督认证频次或安排复审。
复审换证阶段认证将在获证企业HACCP证期结束前安排体系的复审，通过复审认证将向获证企业换发新的认证。
此外，根据法规及顾客的要求，在证期内，获证方还可能接受及顾客对HACCP体系的验证。